История института начала складываться в 30-е годы ХХ столетия, когда образовательная политика государства была направлена на всеобщее обучение граждан страны. В связи с этим остро стоял вопрос о повышении квалификации учителей и на основании Решения Оргкомитета ВЦИК по Вологодской области от 02.12.1938 года был образован Вологодский областной институт усовершенствования учителей с целью систематического повышения профессиональной квалификации педагогов. В то время институт размещался на ул. Калинина (Зосимовской), а потом еще несколько раз менял свое местонахождение. У истоков создания института стояли Виктор Алексеевич Ковцов и Екатерина Ивановна Мартемьянова. Штатное расписание института было в то время совсем небольшим. Оно включало в себя должности директора, заместителя директора по учебной части, помощника директора по административно-хозяйственной части, заведующего курсовыми мероприятиями, заведующего кабинетом начальной школы, научных сотрудников средней школы, лаборантов кабинета, заведующего библиотекой, секретаря-машинистки, бухгалтера, счетовода-кассира. Институт работал и в годы Великой Отечественной войны за исключением периода «консервации» с ноября 1941 года по май 1942 года. В военные годы возглавляла институт Екатерина Ивановна Мартемьянова, будущий преподаватель ВГПИ, декан исторического факультета. В 1991 году Решением исполкома Вологодского областного Совета народных депутатов от 11.02.1991 № 72 институт усовершенствования учителей был преобразован в институт повышения квалификации и переподготовки педагогических кадров. В 1998 году Постановлением Губернатора Вологодской области от 17.06.1998 № 479 переименован в Вологодский институт развития образования (ВИРО). 01.09.2009 г. открыт филиал института в г. Череповце на основании приказа Департамента образования Вологодской области от 04.06.2009 № 928. В 2010 году на основании постановления Правительства области от 23.12.2010 г. № 1505 институт получил статус автономного образовательного учреждения. С 2011 года институт осуществляет деятельность на основании государственного задания, ежегодно формируемого Учредителем – Департаментом образования Вологодской области. В 2012 году институт приступил к разработке и реализации проектов развития региональной системы образования как ведущему виду деятельности.